集体户口的弊端有很多，例如：如果员工需要相关的户籍证明或辞职，会给人力资源增加很多手续。农转非后办的集体户口，不能回原籍。如果夫妻双方都是集体户口，婚姻、计划生育和子女户口都不能办理。结婚后办理的集体户口，是不能迁回原籍的。集体账户二手住房公积金贷款时需要担保人。
法律依据
《中华人民共和国户口登记条例》第十条：公民迁出本户口管辖区，由本人或者户主在迁出前向户口登记机关申报迁出登记，领取迁移证件，注销户口。公民由农村迁往城市，必须持有城市劳动部门的录用证明，学校的录取证明，或者城市户口登记机关的准予迁入的证明，向常住地户口登记机关申请办理迁出手续。公民迁往边防地区，必须经过常住地县、市、市辖区公安机关批准。
